QIAamp® 96 Viral RNA Kit

QIAamp® 96 Viral RNA Kit

The  QIAamp  96  Viral  RNA  Kit  (cat.  no.  52962) should  be stored at room  temperature (15–25°C). Under this condition, the components are stable for  12 months without showing any  reduction  in  performance  and quality,  unless otherwise  indicated on the  label. This protocol can be executed using various S-Blocks and 96-well elution plates. A list of compatible items can be found at the QIAamp 96 Viral RNA product page.

We recommend using a Sigma® 4-16S centrifuge (Sigma Laborzentrifugen GmbH) and a 2 x 96 plate rotor to centrifuge QIAamp 96 plates at 6000 rpm (5788 x g). If an alternative centrifuge with lower g-force is used, centrifugation times need to be adapted respectively. Centrifugation times for processing with a lower g-force than 5788 x g, but with at least 3486 xg, are given in the protocol in brackets.

Notes before starting

. Dissolve lyophilized Carrier RNA in 1550 µl Buffer AVE to a final concentration of 1 µg/µl.

. Add  10 µl of dissolved Carrier RNA solution (1 µg/µl) per milliliter of Buffer AVL. Gently mix by inverting the tube 10 times. To avoid foaming, do not vortex. Buffer AVL–carrier   RNA should be prepared fresh and is stable at 2– 8°C for up to 48 hours.

. Equilibrate all buffers to room temperature before starting.

. Perform QIAamp 96 plate centrifugation at least at ≥3486 x g. If centrifugation speed is ≤5788 x g, please prolong centrifugation time as stated in the brackets. Do not perform  cooled centrifugation, because that could interfere with the evaporation of the ethanol.

Procedure

1. Pipet 560 µl Buffer AVL–carrier RNA into each well of an S-Block.

2. Add 140 µl sample and mix thoroughly by pipetting up and down 8 times.

3. Seal the S-Block with Tape Pad and incubate at room temperature for         

10 min.                                                                                                

4. Carefully remove the Tape Pad and add 560 μl ethanol (96– 100%). Mix thoroughly by pipetting up and down 8 times.

5. Place a QIAamp 96 Plate on a new S-Block. Pipet 630 μl of the solution from step 4 into the QIAamp 96 Plate. Seal the QIAamp 96 Plate with an AirPore tape sheet.

6. Load the QIAamp 96 plate and S-block assembly into a rotor bucket. Centrifuge for   4 min at 5788 x g (7min with at least 3486 x g). If liquid has not completely passed through the membrane, centrifuge again.

7. Carefully remove the AirPore tape sheet and repeat steps 5 and 6 with the remaining lysate. Discard the S-Block that contains the flow-through.

8. Place the QIAamp 96 Plate on a new S-Block. Remove the AirPore tape sheet and add 500 μl Buffer AW1 to each well. Seal the QIAamp 96 Plate with a new AirPore tape   sheet. Load the S-Block and the QIAamp 96 Plate with the carrier into a rotor bucket.   Centrifuge for 4 min at 5788 x g (7min with at least 3486 x g).

9. Remove the AirPore tape sheet and add 500 μl Buffer AW2. Seal the QIAamp 96 Plate  with new AirPore tape sheet. Load the S-Block and the QIAamp 96 Plate with the carrier into a rotor bucket. Centrifuge for 5 min at 5788 x g (7min with at least 3486 x g).

10. Remove the AirPore tape sheet and add 250 μl 96% EtOH. Seal the QIAamp 96 Plate with a new AirPore tape sheet. Load the S-Block and the QIAamp 96 Plate with the

carrier into a rotor bucket. Centrifuge for 5 min at 5788 x g (7min with at least 3486 x g). Discard the S-Block with the flow-through.

11.  Place the QIAamp 96 well plate on a new S-Block. Remove the AirPore tape sheet and load the

S-Block and QIAamp 96 Plate with the carrier into a rotor bucket. Centrifuge for 10 min at 5788 xg (25 min with at least 3486 xg) without AirPore tape sheet to dry the membrane. Discard the S-Block.

12. Place the QIAamp 96 Plate in a 96-well elution plate. Add 80 μl Buffer AVE and incubate at room temperature for 1 min.

13.  Load the 96-well elution plate and QIAamp 96 Plate with the carrier into a rotor bucket. Centrifuge for 4 min at 5788 x g (7min with at least 3486 x g). Seal the elution plate for storage.