2017年5月26日

SNP芯片

Illumina SNP Genotyping采用微珠芯片技术(BeadArray),可对全基因组或特定SNP位点进行分析,其检测质量可靠,得到业界所广泛认可。该平台也是HapMap计划(国际人类基因组单体型图计划)的主要技术平台,在HapMap第一阶段数据中,约70%都出自Illumina平台。可检测物种包括:人、小鼠 、牛、马、羊、猪、犬、玉米等,其他物种可以订制。

物种 芯片名称 芯片信息
Omini家族芯片 Human Omnizhonghua-8/Human Omni5-Quad/Human Omni5 ExomeBeadChip/Human CytoSNP-12
小鼠 Mouse LD/MD Linkage Panel 检测377个-1449个位点,可用于QTL(quantitative trait loci)图谱定位、候选基因定位等,最适用于N2和F2代小鼠株系
Bovine HD BeadChip Illumina公司与牛类研究专家联合开发出牛高密度SNP芯片,每个样本可检测777962个SNPs。
Equine SNP50 BeadChip 该芯片含54602个SNP位点,这些位点均一分布在15个品种马匹的全基因组序列上,SNP的平均间隔为43.2kb。芯片数据信息来自马基因组测序计划。
Ovine SNP50 BeadChip 羊SNP50基因分型芯片是通过Illumina的iSelect项目与国际羊基因组协会合作开发。它包含54241个SNP位点,平均每46kb有一个标记,覆盖整个基因组。
Porcine SNP60 BeadChip 猪SNP60基因分型芯片包含62163个SNP位点,覆盖猪的全基因组。此款芯片整合了多种猪的基因差异,包括杜洛克猪,长白猪,皮特兰猪和大白猪。
Canine HD BeadChip 犬高密度SNP芯片包含超过17万个SNP位点,可以对任何一种家养犬类进行全基因组扫描。Illumina公司通过与CanFam2.0合作,挑选出高多态性位点以鉴定不同的家养犬类种群。
玉米 Maize SNP50 BeadChip 包含56110个玉米SNP位点。
其他物种 定制芯片 Goldengate/Infinium平台定制,位点规格 96-3,072; 1K-500k; 3K-1M。

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Patrick Onwuasor Jersey