2017年5月26日

small RNA测序

small RNA是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用,包括miRNA、piRNA和siRNA。
A.miRNA: 是一种长度为21~25nt的单链小分子RNA。它广泛存在于真核生物中,成熟的miRNA是由具发夹结构单链RNA前体(pre miRNA)经过Dicer酶加工而成,主要通过与靶标基因不完全互补结合来调控靶基因的表达。miRNA在细胞发育、生物标志物、肿瘤等多个领域中有广泛的应用。
B. piRNA: 是一类长度为26~31nt单链的小RNA,大部分集中在29~30nt。piRNA的表达具有组织特异性,只存在于具有全能性的动物细胞,如生殖细胞、肿瘤细胞和干细胞等。piRNA通过与Piwi亚家族蛋白结合形成piRNA复合物(piRC)来发挥生物学功能(沉默转录基因过程,维持生殖系和干细胞功能,调节翻译和mRNA的稳定性)。此外,piRNA在一些癌症细胞中存在异常表达的现象,提示piRNA可能参与癌症的发生,并可作为癌症诊断和治疗中的潜在生物标记物。
C. siRNA:内源性干扰小RNA(siRNA, Small interfering RNA),包括ta-siRNA、ra-siRNA和nat-siRNA。ta-siRNA:天然反义转录小干扰RNA,由TAS基因编码,miRNA剪切产生,21nt,作用机制类似于miRNA;ra-siRNA:由重复序列、转座子、异染色质产生,多为24nt;nat-siRNA:由天然反义转录本(序列与同区域互补链上基因的mRNA方向相反且发生部分重叠)产生。siRNA的功能主要与植物胁迫和生物发育相关。

分析流程

生物信息学分析:


去载体后测序质量图


文氏图


分层聚类


网络调控互作图

样品要求
样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品;
样品的量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供2 μg以上的总RNA;
样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 7;
样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融;
样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

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Patrick Onwuasor Jersey