2017年5月26日

药物研发利器-LINCS/CMap比对分析

药物研发利器-LINCS/CMap比对分析
Gene signatures connection and target prediction
for mechanism of actions of drugs

Connectivity map(简称CMap)为一个基因表达谱资料库,是由Todd Golub与Eric Lander领导的精英团队,集哈佛、剑桥大学与麻省理工学院众多优秀研究人员所构建,利用小分子药物处理人类细胞后的基因表现差异,建立一个小分子药物、基因表现与疾病相互关联的生物应用资料库。研究团队认为以基因表达谱为所建立之基因、疾病与药物的关联性,可协助学者们在药物开发领域上,快速利用基因表达谱的资料比对出与疾病高关联性的药物、推论大部分药物分子的主要化学结构,并能够归纳出药物分子可能作用的机制方向!

服务内容

1、使用华联OneArray获得差异基因;
2、比对Connectivity Map(CMap)资料库中的基因图谱
– 找寻有相似基因图谱的分子或药物
– 分析药物功效与机制
3、利用Reverse docking筛选已知或新分子,预测蛋白结合目标;
4、找到的蛋白结合目标,再与差异基因进行Pathway analysis。

其他物种,我们可以提供根据最新Sanger数据库里的miRNA(Sanger miRBase最新版本),以及您的需求,进行自由组合,定制8*15K或8*60K的miRNA芯片。

应用

新药开发

1、了解药物作用机制(Mechanism of action)
2、比较相似药物的enrichment of effects
3、预测副作用
老药新用

1、由相似基因图谱连结未曾相关药物
2、找出新的药物目标或新的作用路径
中草药

1、从复方中找到具功效的分子
2、了解具功效的分子的作用机制

案例

图1

图2

台北医学大学及台湾大学研究团队研发的抗癌标靶新药MPT0E028,可明确抑制组蛋白去乙酰酶(HDAC)的活性,有效毒杀癌细胞。此药使用华联Human OneArray得到的差异基因群,经由CMap资料库比对,即成功预测MPT0E028为HDAC inhibitor(图2红框为已知的HDAC inhibitor)。

服务流程

技术支持, 数据分析
关于 zhuolishengwu

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Patrick Onwuasor Jersey